Bốn năm sau khi một khối thiên thạch bí ẩn mang theo sinh vật ngoài hành tinh Deoxys rơi xuống Trái Đất và bị rồng thần Rayquaza tiêu diệt trong một trận chiến kinh hoàng ở Bắc Cực, một Deoxys thứ hai đã thức tỉnh. Nó tiến thẳng đến thành phố công nghệ cao Larousse – nơi Satoshi và nhóm bạn đang ghé thăm – và tạo ra một màng bọc năng lượng khổng lồ cô lập hoàn toàn thành phố, cắt đứt mọi nguồn điện để tìm kiếm đồng thoại của mình. Sự xuất hiện của Deoxys một lần nữa chọc giận Rayquaza, khiến vị thần bầu trời bay đến và khơi mào một trận đại chiến hủy diệt ngay giữa lòng đô thị.